В документации по фреймворку webasyst описано, как создавать консольные команды, то есть команды которые можно вызывать из консоли, без участия веб-сервера.
Статья справки размещена здесь: www.webasyst.ru/developers/docs/features/cli/
Минус описанного в ней метода в том, что скрипт придётся помещать в папку wa-apps/[APP_ID]/lib/cli, то есть фактически в папку с приложением класть свой код, что приведёт в конечном итоге к бардаку и хаосу.
Также, в справочной системе есть статья о плагинах, где написано, что плагины тоже могут иметь консольные команды.
вот эта статья: www.webasyst.ru/help/98/shop-script-5-plugin-development/
Однако, как совместить консольные скрипты и плагины — не сказано.
Поскольку ждать ответа от техподдержки можно долго, я предпочел самостоятельно расковырять исходный код, и найти как поместить консольный скрипт в свой плагин.